Em 1999 foi criada a FUNDACCER – Fundação de Desenvolvimento do Café do Cerrado, que tem por missão estabelecer linhas de pesquisa para a produção, identificação e aplicação de cafés especiais, notadamente o Café do Cerrado. Possui importantes alianças com universidades brasileiras e centros de pesquisa, além de manter convênio com algumas renomadas instituições internacionais.
Dentro de sua linha de atuação, destacam-se os cursos e seminários visando à capacitação dos técnicos de classificação e degustação de café, sob a metodologia de cafés especiais. Esta metodologia foi criada pela SCAA – Associação Americana de Cafés Especiais, que mantém com o CACCER uma das importantes alianças com entidades de cafeicultores.
É mantenedora do CEC – Centro de Excelência do Café do Cerrado, que por sua vez é uma construção de 2 mil metros quadrados em Patrocínio, e tem por objetivo proporcionar a constante elevação dos padrões tecnológicos da cultura cafeeira na região do Cerrado Mineiro. Cabe ao CEC -Cerrado promover o intercâmbio permanente de experiências com técnicos e especialistas de diversas regiões produtoras, executando os cursos e eventos em suas estruturas.